Toen de farao met zijn leger in aantocht was en de Chaldese troepen van Jeruzalem wegtrokken, probeerde Jeremia de stad ongemerkt, tussen de mensen, te verlaten om naar het gebied van Benjamin te gaan. Maar in de Benjaminpoort werd hij gearresteerd door de officier van de wacht, Jiria, de zoon van Selemja, de zoon van Chananja. ‘U wilt naar de Chaldeeën overlopen,’ zei hij. ‘Dat is niet waar,’ antwoordde Jeremia, ‘ik wil niet overlopen.’ Maar Jiria geloofde hem niet, greep hem vast en bracht hem naar de raadsheren. Dezen werden woedend op Jeremia, lieten hem stokslagen geven en zetten hem achter slot en grendel in het huis van de schrijver Jonatan, waarvan een gevangenis was gemaakt. Zo kwam Jeremia in een overwelfde kerker terecht, waar hij lange tijd zou blijven.
Op een dag liet koning Sedekia hem in het geheim naar zijn paleis brengen. Hij vroeg:
‘Heeft de HEER gesproken?’ ‘Ja,’ antwoordde Jeremia, ‘u zult worden uitgeleverd aan de koning van Babylonië.’ Vervolgens zei hij tegen koning Sedekia:
‘Wat heb ik u, uw hof en dit volk eigenlijk misdaan dat u mij in de gevangenis hebt gezet? En uw profeten, die u verzekerd hebben dat de koning van Babylonië u en dit land met rust zou laten, waar zijn die nu? Mijn heer en koning, luister toch naar mijn verzoek, stuur mij niet terug naar het huis van de schrijver Jonatan. Ik zou daar sterven.’ Koning Sedekia beval toen Jeremia over te plaatsen naar het kwartier van de paleiswacht. Daar kreeg hij elke dag een brood uit de Bakkersstraat, totdat al het brood in de stad op was. Jeremia bleef in het kwartier van de paleiswacht.